More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3824 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  100 
 
 		 659 aa  1326    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  36.62 
 
 		 673 aa  378  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  34.41 
 
 		 626 aa  151  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 628 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 650 aa  144  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  45.12 
 
 		 712 aa  138  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 564 aa  137  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.41 
 
 		 901 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 309 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 532 aa  133  9e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.13 
 
 		 610 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 575 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 772 aa  130  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 575 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 575 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  33.45 
 
 		 596 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  42.33 
 
 		 296 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 325 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  39.39 
 
 		 325 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 628 aa  128  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 610 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 464 aa  127  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 661 aa  127  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.44 
 
 		 425 aa  127  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  45.62 
 
 		 353 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 325 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  30.35 
 
 		 592 aa  126  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 325 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  32.46 
 
 		 604 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 628 aa  125  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 659 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  42.01 
 
 		 498 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 581 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  46.06 
 
 		 580 aa  124  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39 
 
 		 396 aa  124  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  42.68 
 
 		 525 aa  124  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 1826 aa  123  9e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.56 
 
 		 308 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.92 
 
 		 418 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 571 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 304 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 381 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 372 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 577 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.58 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  31.67 
 
 		 626 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  43.56 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 636 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.83 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 385 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 493 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  42.94 
 
 		 340 aa  122  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 539 aa  122  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 730 aa  122  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 753 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  43.21 
 
 		 443 aa  122  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  46.06 
 
 		 364 aa  121  3.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 686 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 314 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.92 
 
 		 462 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 577 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.56 
 
 		 457 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 476 aa  121  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  40 
 
 		 580 aa  121  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 485 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 502 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  40.85 
 
 		 525 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 595 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 542 aa  120  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 321 aa  120  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 387 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 457 aa  120  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 395 aa  120  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 362 aa  120  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  38.24 
 
 		 570 aa  120  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  38.24 
 
 		 570 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 310 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 357 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 581 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 585 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.08 
 
 		 413 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 493 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  38.24 
 
 		 570 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 490 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.21 
 
 		 818 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 1774 aa  120  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  38.24 
 
 		 570 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 346 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  38.24 
 
 		 570 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 608 aa  120  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.85 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 620 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>