More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3192 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  59.17 
 
 		 627 aa  745    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  100 
 
 		 627 aa  1292    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 650 aa  480  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 628 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 636 aa  464  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 646 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 646 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  40.03 
 
 		 626 aa  422  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  37.86 
 
 		 631 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 640 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 		 604 aa  413  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 672 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 672 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 646 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 627 aa  359  7e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  35.69 
 
 		 626 aa  358  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 369 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 311 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 1774 aa  136  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 628 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 		 901 aa  132  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 		 772 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 387 aa  128  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 559 aa  127  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 314 aa  127  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.91 
 
 		 342 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  28.33 
 
 		 625 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  28.7 
 
 		 684 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 661 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 342 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 532 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 593 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 328 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 247 aa  124  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.69 
 
 		 308 aa  124  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  41.18 
 
 		 321 aa  124  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 422 aa  124  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 328 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 519 aa  124  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  37.36 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  37.36 
 
 		 323 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.46 
 
 		 335 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 769 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  33.5 
 
 		 482 aa  121  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 533 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 378 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 332 aa  120  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  35.24 
 
 		 368 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 384 aa  120  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  37.91 
 
 		 332 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 312 aa  120  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 635 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 329 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 730 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 350 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 610 aa  118  3e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.25 
 
 		 474 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 417 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 310 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 444 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 310 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 821 aa  117  6e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  34.55 
 
 		 592 aa  117  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.61 
 
 		 457 aa  117  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.07 
 
 		 531 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 310 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  34.71 
 
 		 427 aa  117  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 659 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 		 327 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  36.21 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 345 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 405 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 316 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  41.98 
 
 		 305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  27.45 
 
 		 576 aa  115  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  40 
 
 		 414 aa  115  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 680 aa  115  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 314 aa  115  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  42.35 
 
 		 454 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 563 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 625 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 454 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 454 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 464 aa  114  4.0000000000000004e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 599 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 466 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 466 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 466 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 316 aa  114  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 466 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 317 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 563 aa  114  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 466 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 317 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 300 aa  114  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 417 aa  114  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>