More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0581 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  55.82 
 
 		 684 aa  711    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 625 aa  1284    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 621 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 635 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 650 aa  151  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 646 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 422 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 		 364 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 640 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  29.8 
 
 		 631 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 646 aa  137  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 646 aa  137  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 369 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 672 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.24 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 672 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 354 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  41.72 
 
 		 461 aa  134  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 469 aa  134  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  41.72 
 
 		 456 aa  134  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  34.4 
 
 		 604 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 425 aa  131  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 661 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 323 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 581 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 571 aa  130  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 298 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 320 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  37 
 
 		 296 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 680 aa  129  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  40.22 
 
 		 626 aa  128  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 636 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.1 
 
 		 411 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 369 aa  127  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 571 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 577 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 438 aa  127  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 582 aa  127  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 1774 aa  126  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 631 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 220 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 627 aa  126  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 387 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 410 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 247 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 532 aa  125  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 312 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 291 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 312 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 628 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 322 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  124  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 319 aa  124  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 411 aa  124  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 329 aa  124  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 408 aa  124  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.65 
 
 		 1000 aa  123  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 451 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  37.58 
 
 		 448 aa  123  8e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 559 aa  123  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 461 aa  123  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.39 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 441 aa  123  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 452 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 587 aa  123  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 411 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 407 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 532 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 550 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.24 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  35.68 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 627 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 569 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  38 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 409 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 542 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 492 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.42 
 
 		 525 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 403 aa  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 572 aa  121  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 312 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 274 aa  121  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 578 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 562 aa  121  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.25 
 
 		 525 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  40.12 
 
 		 564 aa  121  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  40 
 
 		 536 aa  120  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.65 
 
 		 557 aa  120  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.39 
 
 		 455 aa  120  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  39.52 
 
 		 563 aa  120  7e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 592 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>