More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3384 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  93.43 
 
 		 563 aa  1074    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  77.3 
 
 		 559 aa  888    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  100 
 
 		 563 aa  1142    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  38.16 
 
 		 551 aa  350  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 555 aa  345  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 555 aa  339  8e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 569 aa  205  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  46.39 
 
 		 413 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  39.7 
 
 		 531 aa  141  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 381 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 281 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 411 aa  135  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 680 aa  135  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 1004 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 733 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  45 
 
 		 381 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 492 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 550 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 565 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 		 578 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 414 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 507 aa  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 559 aa  131  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  43.87 
 
 		 392 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.45 
 
 		 710 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 797 aa  131  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 507 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.77 
 
 		 619 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 1774 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 375 aa  130  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 681 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 620 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 464 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  42.26 
 
 		 542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 722 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.52 
 
 		 474 aa  128  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 416 aa  128  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 395 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 395 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 295 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.94 
 
 		 542 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 382 aa  127  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  47.77 
 
 		 375 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 827 aa  126  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  47.13 
 
 		 375 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 302 aa  126  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 611 aa  126  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.87 
 
 		 671 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 312 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.81 
 
 		 669 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 237 aa  125  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 532 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.88 
 
 		 459 aa  124  5e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 791 aa  124  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 342 aa  124  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 419 aa  124  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 492 aa  124  6e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 388 aa  124  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 304 aa  123  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.43 
 
 		 519 aa  124  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 457 aa  123  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 274 aa  123  9e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 369 aa  123  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 316 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  38.1 
 
 		 551 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 579 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  38.64 
 
 		 312 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.21 
 
 		 792 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 577 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 401 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 584 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  33.64 
 
 		 596 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 448 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 355 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 407 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 388 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 361 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 464 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>