More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1354 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  100 
 
 		 368 aa  765    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  50.14 
 
 		 372 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  47.28 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0606  GGDEF family protein  44.27 
 
 		 385 aa  328  8e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.369805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3091  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 		 662 aa  170  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 634 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 632 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 661 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 642 aa  145  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 732 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.11 
 
 		 634 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.71 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 237 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 357 aa  137  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 505 aa  135  8e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  43.46 
 
 		 480 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 516 aa  135  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.08 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 565 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.57 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.37 
 
 		 466 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 474 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 457 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 794 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  36.45 
 
 		 721 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 508 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 506 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.77 
 
 		 457 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 646 aa  129  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  42.33 
 
 		 454 aa  129  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.32 
 
 		 536 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.88 
 
 		 462 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 472 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 340 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 360 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 1054 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 263 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 800 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.1 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 612 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 550 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.32 
 
 		 820 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 612 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  29.39 
 
 		 431 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  35 
 
 		 615 aa  126  6e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 422 aa  126  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.72 
 
 		 448 aa  126  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 340 aa  126  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  37.38 
 
 		 628 aa  126  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 583 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 435 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  35.58 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 259 aa  126  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.16 
 
 		 980 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.579103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 487 aa  125  8.000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 796 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 540 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 629 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 631 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 		 733 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 672 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 459 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.57 
 
 		 451 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 640 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 821 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37.22 
 
 		 275 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 534 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.89 
 
 		 1637 aa  125  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  36.81 
 
 		 459 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  36.61 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 722 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 598 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 650 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 469 aa  123  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  39.24 
 
 		 273 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.62 
 
 		 585 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>