More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2977 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  53.65 
 
 		 636 aa  645    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  100 
 
 		 650 aa  1334    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  50.82 
 
 		 628 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  47.28 
 
 		 626 aa  559  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  43.46 
 
 		 631 aa  512  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 646 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 646 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 627 aa  486  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 640 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 627 aa  488  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  42.9 
 
 		 646 aa  483  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 672 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  43.54 
 
 		 672 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  45 
 
 		 604 aa  478  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 627 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  37.94 
 
 		 626 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 369 aa  287  5e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  43.94 
 
 		 311 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  32.92 
 
 		 625 aa  151  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 469 aa  147  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 659 aa  144  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.56 
 
 		 609 aa  143  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  31.75 
 
 		 431 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 635 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.84 
 
 		 477 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 661 aa  139  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  32.74 
 
 		 621 aa  137  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 387 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 474 aa  134  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 772 aa  134  5e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.35 
 
 		 901 aa  134  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  31.85 
 
 		 684 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  34.07 
 
 		 323 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 323 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 564 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 532 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  43.67 
 
 		 318 aa  133  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  49.69 
 
 		 455 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 264 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 508 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 264 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 314 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 444 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 247 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  40.83 
 
 		 368 aa  131  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 370 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 628 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  39.88 
 
 		 634 aa  130  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 454 aa  130  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 		 328 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  42.33 
 
 		 296 aa  130  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.5 
 
 		 634 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 322 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 610 aa  130  9.000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 263 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.89 
 
 		 474 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.04 
 
 		 353 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 464 aa  129  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 422 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 775 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 1774 aa  129  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.84 
 
 		 342 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 362 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 332 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 373 aa  128  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 620 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.84 
 
 		 342 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 312 aa  128  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 769 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 1339 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 354 aa  128  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 464 aa  128  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.5 
 
 		 328 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 345 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 555 aa  127  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  45.45 
 
 		 454 aa  127  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  26.08 
 
 		 653 aa  127  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 490 aa  127  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.61 
 
 		 600 aa  127  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 577 aa  127  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 378 aa  126  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 571 aa  126  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  42.95 
 
 		 301 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.87 
 
 		 438 aa  125  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0606  GGDEF family protein  32.47 
 
 		 385 aa  126  2e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.369805  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 307 aa  126  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 492 aa  126  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.72 
 
 		 308 aa  125  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  36.61 
 
 		 487 aa  125  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 555 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 381 aa  125  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 540 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 680 aa  125  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 794 aa  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>