More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2310 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  73.64 
 
 		 551 aa  808    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  100 
 
 		 555 aa  1127    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  92.97 
 
 		 555 aa  1050    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 559 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 563 aa  345  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 563 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.32 
 
 		 569 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 753 aa  154  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.55 
 
 		 669 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.58 
 
 		 413 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.65 
 
 		 455 aa  139  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 342 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 791 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.05 
 
 		 505 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 680 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 492 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.2 
 
 		 1000 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 304 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 582 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00398  hypothetical protein  37.76 
 
 		 347 aa  134  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  0.618685 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 338 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.12 
 
 		 474 aa  134  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  43.68 
 
 		 1636 aa  134  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 338 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 381 aa  134  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 572 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 495 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 736 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 387 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 378 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 355 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 281 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1787  diguanylate cyclase  48.55 
 
 		 272 aa  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.5 
 
 		 730 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 735 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  42.47 
 
 		 381 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 422 aa  130  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  37.36 
 
 		 451 aa  130  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 432 aa  130  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 307 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 382 aa  130  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.98 
 
 		 901 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 559 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 775 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  42.86 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  38.25 
 
 		 1726 aa  128  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 301 aa  129  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  40.48 
 
 		 531 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 469 aa  128  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 751 aa  128  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 		 628 aa  128  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.89 
 
 		 1637 aa  128  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 594 aa  128  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 628 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 485 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 492 aa  127  5e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.09 
 
 		 457 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 469 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 424 aa  127  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 458 aa  127  8.000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 375 aa  126  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 454 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 532 aa  126  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 454 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  126  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  45.29 
 
 		 402 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.8 
 
 		 525 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  37.79 
 
 		 1643 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 591 aa  126  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 620 aa  126  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 306 aa  126  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 381 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 411 aa  126  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44 
 
 		 362 aa  126  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  38.14 
 
 		 358 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 365 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.99 
 
 		 626 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 220 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>