More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0147 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 487 aa  999    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  34.64 
 
 		 482 aa  297  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0144  membrane associated GGDEF protein  35.89 
 
 		 481 aa  287  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 492 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  28.68 
 
 		 532 aa  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  29.16 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  29.16 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 492 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 492 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 474 aa  148  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 507 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 516 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 407 aa  143  8e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  27.84 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 516 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 492 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 508 aa  141  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 492 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  29.31 
 
 		 496 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 501 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  29 
 
 		 496 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 522 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 496 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 520 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 520 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 498 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 493 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 506 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 493 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 510 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 480 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  25.21 
 
 		 506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 501 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  27.16 
 
 		 494 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 517 aa  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 422 aa  130  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  26.16 
 
 		 506 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 529 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 492 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 499 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 722 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  37.58 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 484 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  26.16 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  26.16 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 646 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  28.35 
 
 		 488 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 646 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 769 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 408 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 295 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  27.71 
 
 		 507 aa  128  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  31.82 
 
 		 621 aa  128  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  32.11 
 
 		 684 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 660 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  34.62 
 
 		 631 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 550 aa  127  5e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 464 aa  127  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 457 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 660 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 519 aa  127  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 492 aa  127  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  26.29 
 
 		 506 aa  127  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.61 
 
 		 418 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 586 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 772 aa  126  8.000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  27.61 
 
 		 510 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 408 aa  126  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  27.38 
 
 		 505 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  27.81 
 
 		 509 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.17 
 
 		 960 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 459 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.25 
 
 		 622 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 672 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  25.2 
 
 		 519 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 373 aa  126  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 504 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 345 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 1774 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  33.8 
 
 		 604 aa  125  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 530 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  26.87 
 
 		 502 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 454 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 650 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>