More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0747 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  100 
 
 		 646 aa  1323    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  79.27 
 
 		 631 aa  1031    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  71.9 
 
 		 672 aa  879    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  72.15 
 
 		 672 aa  883    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  71.66 
 
 		 640 aa  882    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  81.24 
 
 		 646 aa  1075    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  81.24 
 
 		 646 aa  1075    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  74.5 
 
 		 369 aa  505  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  42.9 
 
 		 650 aa  496  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 628 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  39.97 
 
 		 636 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  40.29 
 
 		 626 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  40.5 
 
 		 604 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 627 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 627 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 627 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  69.2 
 
 		 311 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  37.4 
 
 		 626 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  31.03 
 
 		 625 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  27.41 
 
 		 630 aa  141  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 323 aa  138  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.35 
 
 		 323 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 247 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  35.11 
 
 		 621 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  32.44 
 
 		 684 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 1774 aa  130  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 387 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  27.35 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  36.21 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  34.8 
 
 		 487 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 422 aa  128  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.16 
 
 		 560 aa  128  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 661 aa  128  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.09 
 
 		 609 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 772 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40 
 
 		 321 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 548 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 312 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 342 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 328 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 322 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 516 aa  124  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 469 aa  124  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 458 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.73 
 
 		 499 aa  123  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 635 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  38.73 
 
 		 634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.77 
 
 		 610 aa  122  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 632 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 634 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.3 
 
 		 550 aa  121  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 444 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 506 aa  120  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 571 aa  120  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36.46 
 
 		 302 aa  120  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  38.95 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 422 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  33.47 
 
 		 689 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2133  YbaK  37.63 
 
 		 1361 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 345 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 530 aa  119  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 325 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 301 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 494 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 278 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 325 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 464 aa  118  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 646 aa  118  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 291 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 312 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 314 aa  117  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 519 aa  117  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 593 aa  117  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 508 aa  117  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 611 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.25 
 
 		 312 aa  117  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 556 aa  117  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 328 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 350 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 565 aa  117  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 362 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 470 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 443 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.48 
 
 		 353 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 501 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.33 
 
 		 792 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  25.83 
 
 		 651 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 559 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 496 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 503 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 474 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 1339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>