More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2222 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  100 
 
 		 312 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  100 
 
 		 312 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  87.66 
 
 		 329 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  73.18 
 
 		 320 aa  464  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  50 
 
 		 318 aa  306  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 318 aa  286  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.37 
 
 		 1121 aa  158  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  52.27 
 
 		 484 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.81 
 
 		 1399 aa  150  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.76 
 
 		 1758 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 531 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.52 
 
 		 482 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.94 
 
 		 451 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 1276 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.26 
 
 		 2072 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.54 
 
 		 769 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.6 
 
 		 1000 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.71 
 
 		 578 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 354 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  37.5 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 611 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 364 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  37.04 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 1037 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 680 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 497 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 407 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 350 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.82 
 
 		 548 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 492 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.82 
 
 		 698 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.33 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.03 
 
 		 772 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 422 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 220 aa  126  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  39.23 
 
 		 628 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 612 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 464 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.63 
 
 		 610 aa  125  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 586 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.94 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  51.3 
 
 		 520 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 797 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 431 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 730 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 430 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.8 
 
 		 653 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 385 aa  123  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.02 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 464 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 		 1021 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.19 
 
 		 827 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 482 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 430 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  38.46 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 431 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 431 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 583 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 430 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  40 
 
 		 396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 681 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 		 345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 901 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 		 1143 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 		 1143 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 585 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 660 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 585 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 493 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 556 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 571 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.27 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.62 
 
 		 462 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>