More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3631 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  100 
 
 		 628 aa  1293    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  26.78 
 
 		 646 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  26.78 
 
 		 646 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 628 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  27.31 
 
 		 609 aa  147  8.000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  28.04 
 
 		 631 aa  145  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  25.6 
 
 		 637 aa  144  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 715 aa  143  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  27.37 
 
 		 627 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  25.78 
 
 		 653 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 627 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.35 
 
 		 459 aa  141  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 322 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  39.2 
 
 		 551 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  26.93 
 
 		 646 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 650 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 610 aa  137  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 640 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  38.92 
 
 		 551 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 316 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  26.89 
 
 		 672 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.01 
 
 		 730 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 295 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  29.93 
 
 		 604 aa  135  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 555 aa  135  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39 
 
 		 387 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  24.21 
 
 		 626 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  26.22 
 
 		 636 aa  134  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  40.61 
 
 		 275 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 672 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 555 aa  134  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 710 aa  134  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 235 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 722 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 496 aa  133  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 661 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 1037 aa  133  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 298 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 556 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 539 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.55 
 
 		 769 aa  131  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 1004 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 380 aa  130  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 651 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 361 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.51 
 
 		 772 aa  130  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 1774 aa  130  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 901 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 659 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 632 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 563 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 461 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 		 558 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 346 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 323 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 369 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.92 
 
 		 1079 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 278 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 422 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 546 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 343 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 407 aa  128  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 361 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 574 aa  128  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 381 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 585 aa  128  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 738 aa  128  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 674 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.08 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 559 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.88 
 
 		 346 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.52 
 
 		 896 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 546 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 345 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.64 
 
 		 548 aa  127  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 578 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 574 aa  127  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 381 aa  127  7e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 550 aa  127  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 466 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 		 586 aa  127  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 388 aa  127  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 797 aa  126  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 451 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 315 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 460 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 559 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 546 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 546 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 456 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 369 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 714 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.5 
 
 		 671 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>