More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1274 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  100 
 
 		 593 aa  1226    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 587 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  41.38 
 
 		 596 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  40.75 
 
 		 575 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 575 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 575 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 577 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 581 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 595 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 581 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 581 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 576 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  37.48 
 
 		 578 aa  355  2e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  34.39 
 
 		 649 aa  309  8e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 622 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 642 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 585 aa  197  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  25.89 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  26.32 
 
 		 589 aa  190  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  25.82 
 
 		 613 aa  185  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  27.74 
 
 		 592 aa  167  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  29.27 
 
 		 585 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  26.48 
 
 		 694 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  34.35 
 
 		 631 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 642 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 431 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 		 1774 aa  127  7e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  27.21 
 
 		 604 aa  127  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 476 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 646 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 646 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 417 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  38.19 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 319 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 539 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 627 aa  125  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 680 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 430 aa  124  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 659 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 611 aa  124  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 635 aa  124  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 495 aa  124  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 417 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 537 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  35.34 
 
 		 621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 321 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  26.14 
 
 		 672 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 672 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 681 aa  120  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.5 
 
 		 422 aa  120  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 1099 aa  120  7e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  33.49 
 
 		 498 aa  120  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 640 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 320 aa  120  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  40.91 
 
 		 546 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 585 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 1774 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 237 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.96 
 
 		 316 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.52 
 
 		 485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 486 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.88 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 530 aa  118  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.88 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 650 aa  118  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  37.72 
 
 		 430 aa  117  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 431 aa  117  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 430 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 430 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 486 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 385 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 431 aa  117  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 431 aa  117  6e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 646 aa  117  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 301 aa  117  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 318 aa  117  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 369 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  39.26 
 
 		 340 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  37.72 
 
 		 431 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 469 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 632 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 916 aa  117  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  30.68 
 
 		 431 aa  116  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 312 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 485 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 827 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>