More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0546 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
589 aa  1208    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  43.85 
 
 
613 aa  475  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  44.36 
 
 
610 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  42.88 
 
 
585 aa  464  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 
592 aa  375  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 
585 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  31.53 
 
 
694 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  29.44 
 
 
622 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  33.88 
 
 
595 aa  194  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
587 aa  192  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  26.32 
 
 
593 aa  190  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  28.27 
 
 
575 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  35.48 
 
 
596 aa  187  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  29.98 
 
 
577 aa  188  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  28.47 
 
 
581 aa  187  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  36.28 
 
 
575 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  36.28 
 
 
575 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  31.13 
 
 
649 aa  178  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  30.17 
 
 
581 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  25.8 
 
 
642 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  30.32 
 
 
581 aa  174  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  29.96 
 
 
581 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  31.01 
 
 
576 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.51 
 
 
1000 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
354 aa  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
313 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
313 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
312 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 
324 aa  127  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
794 aa  127  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
357 aa  127  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.65 
 
 
498 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 
438 aa  125  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.21 
 
 
307 aa  125  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 
301 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 
668 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.85 
 
 
302 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.67 
 
 
772 aa  124  5e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
555 aa  124  5e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
377 aa  124  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
411 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 
796 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 
681 aa  123  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
397 aa  123  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 
668 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.17 
 
 
532 aa  123  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
1339 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  38.02 
 
 
411 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
582 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 
312 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
496 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.6 
 
 
312 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 
312 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 
312 aa  122  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 
796 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.82 
 
 
482 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.55 
 
 
457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  41.52 
 
 
323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
492 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.08 
 
 
457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 
324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
409 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.66 
 
 
490 aa  120  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  39.31 
 
 
580 aa  120  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
492 aa  120  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.15 
 
 
555 aa  120  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.01 
 
 
796 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.66 
 
 
320 aa  120  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
486 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
794 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  25.64 
 
 
578 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 
326 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
486 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
486 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
486 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 
800 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
559 aa  120  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
381 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  34.74 
 
 
555 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  33.91 
 
 
621 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  37.79 
 
 
612 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
237 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 
1774 aa  119  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 
364 aa  119  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.29 
 
 
609 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.29 
 
 
709 aa  119  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
420 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 
301 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40 
 
 
570 aa  118  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.82 
 
 
490 aa  118  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
611 aa  118  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.5 
 
 
273 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.75 
 
 
638 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  37.26 
 
 
401 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
227 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  37.5 
 
 
565 aa  117  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>