More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0538 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  90.94 
 
 		 585 aa  1077    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  100 
 
 		 585 aa  1170    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  51.98 
 
 		 591 aa  531  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  43.38 
 
 		 599 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  36.38 
 
 		 572 aa  238  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 628 aa  223  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.78 
 
 		 841 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 580 aa  183  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 632 aa  161  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4254  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 681 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000333563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  36.36 
 
 		 297 aa  144  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.55 
 
 		 298 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 298 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 298 aa  130  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 301 aa  130  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 758 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 568 aa  129  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 298 aa  128  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 532 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 764 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 764 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 764 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.29 
 
 		 558 aa  127  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.51 
 
 		 550 aa  126  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.24 
 
 		 316 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 352 aa  126  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 612 aa  126  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 324 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 456 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 901 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 545 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 369 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  44.51 
 
 		 596 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 680 aa  124  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 409 aa  124  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 574 aa  124  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 396 aa  124  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 769 aa  124  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 321 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 		 730 aa  123  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 359 aa  123  9e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 772 aa  123  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 496 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 508 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 281 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 329 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 424 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 582 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3670  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 608 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.15 
 
 		 431 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 602 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.07 
 
 		 777 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 532 aa  121  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 184 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 565 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 543 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 220 aa  121  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 586 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 575 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 368 aa  120  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  35.9 
 
 		 410 aa  120  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 587 aa  120  7.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 611 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 532 aa  120  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 231 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.25 
 
 		 790 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 441 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 593 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 312 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 312 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 342 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 398 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 417 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 431 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 347 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45 
 
 		 780 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 		 476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  35.27 
 
 		 568 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 513 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 436 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 681 aa  118  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 		 694 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.38 
 
 		 438 aa  118  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.06 
 
 		 1073 aa  118  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  28.73 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 517 aa  118  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 569 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>