More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0951 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 694 aa  1422    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  33.39 
 
 		 610 aa  308  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 585 aa  298  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  31.72 
 
 		 589 aa  290  8e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  30.95 
 
 		 613 aa  256  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  31.31 
 
 		 585 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  30.92 
 
 		 592 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 581 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 575 aa  170  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 575 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  29.47 
 
 		 596 aa  168  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 575 aa  168  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 581 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 622 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 581 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 577 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  27.22 
 
 		 581 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  26.48 
 
 		 593 aa  155  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 595 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 642 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 576 aa  139  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 301 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.47 
 
 		 548 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.56 
 
 		 525 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  31.33 
 
 		 604 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.36 
 
 		 525 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 587 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.12 
 
 		 302 aa  129  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  27.2 
 
 		 649 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 650 aa  127  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 492 aa  127  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 628 aa  127  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 405 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 322 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 555 aa  125  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 550 aa  125  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 555 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 626 aa  124  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  27.33 
 
 		 626 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  41.38 
 
 		 332 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.18 
 
 		 422 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 307 aa  122  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  35.11 
 
 		 631 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.12 
 
 		 335 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  27.31 
 
 		 628 aa  120  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 364 aa  120  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 369 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 		 772 aa  120  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  42.54 
 
 		 385 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3663  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622797  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  36 
 
 		 646 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 571 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 640 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 341 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 307 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 345 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 390 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 611 aa  118  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 417 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 585 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 350 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 312 aa  119  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 672 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 305 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.18 
 
 		 634 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 247 aa  118  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  36.89 
 
 		 411 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3858  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 362 aa  117  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 530 aa  117  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 281 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 585 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.55 
 
 		 413 aa  117  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 559 aa  117  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 338 aa  117  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 625 aa  117  8.999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  41.42 
 
 		 551 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 300 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 651 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.91 
 
 		 482 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 334 aa  115  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 490 aa  115  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 453 aa  115  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 378 aa  115  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 295 aa  115  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 417 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 305 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 426 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 328 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.92 
 
 		 1000 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 558 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.68 
 
 		 477 aa  114  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  44.38 
 
 		 318 aa  114  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 672 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.47 
 
 		 451 aa  114  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  34.32 
 
 		 426 aa  114  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 324 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 324 aa  114  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>