More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0513 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 426 aa  874    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  31.7 
 
 		 430 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 408 aa  170  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0255  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 408 aa  167  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000365905 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 454 aa  135  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  35.35 
 
 		 768 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  35.35 
 
 		 768 aa  134  5e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 680 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 536 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 407 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.62 
 
 		 413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 578 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 322 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.51 
 
 		 461 aa  130  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 517 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 492 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.78 
 
 		 695 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 422 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.78 
 
 		 652 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 467 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 466 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.78 
 
 		 652 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 769 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 459 aa  127  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 360 aa  127  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 466 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 466 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 466 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 334 aa  126  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  39.08 
 
 		 578 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  38.3 
 
 		 808 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 642 aa  125  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  42.6 
 
 		 415 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 466 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 1466 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 783 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 311 aa  124  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 582 aa  124  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 628 aa  124  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 466 aa  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 917 aa  123  6e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 1774 aa  123  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.62 
 
 		 301 aa  123  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 574 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 464 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 389 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 327 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 345 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.59 
 
 		 457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 466 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 467 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 681 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 574 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  38.2 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 461 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 298 aa  120  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  35.23 
 
 		 451 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 247 aa  120  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 317 aa  120  6e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 345 aa  120  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 710 aa  120  6e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.58 
 
 		 458 aa  119  7e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 794 aa  119  7e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 843 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 686 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  39.18 
 
 		 800 aa  119  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 458 aa  119  9e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  39.18 
 
 		 800 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.84 
 
 		 563 aa  119  9e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  36.63 
 
 		 712 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 281 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  39.18 
 
 		 872 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  39.18 
 
 		 872 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 311 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 311 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>