More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2432 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  100 
 
 		 551 aa  1106    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  73.18 
 
 		 555 aa  810    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  73.64 
 
 		 555 aa  808    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 559 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 563 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 563 aa  349  7e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.64 
 
 		 569 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.68 
 
 		 730 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.81 
 
 		 413 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 505 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 281 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.95 
 
 		 669 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 469 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 307 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 467 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 775 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 365 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 572 aa  128  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 582 aa  128  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 382 aa  127  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 321 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 355 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 591 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  40.95 
 
 		 375 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 360 aa  127  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 422 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  32.86 
 
 		 451 aa  126  9e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.24 
 
 		 301 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 309 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  38.79 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  46.1 
 
 		 390 aa  126  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.1 
 
 		 455 aa  126  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 310 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 636 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.09 
 
 		 1000 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 901 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 492 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 378 aa  125  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  32 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 559 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 342 aa  125  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 466 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  37 
 
 		 477 aa  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 382 aa  125  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 		 454 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  37.34 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 424 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 485 aa  124  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 414 aa  124  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 306 aa  124  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 698 aa  124  5e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 422 aa  124  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 620 aa  124  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 500 aa  124  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 469 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 594 aa  123  8e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 304 aa  123  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  42.01 
 
 		 476 aa  123  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.18 
 
 		 474 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.11 
 
 		 626 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 402 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 220 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  26.51 
 
 		 532 aa  123  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 578 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  37.06 
 
 		 358 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.33 
 
 		 412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 458 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 637 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 322 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 306 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 680 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  33.45 
 
 		 443 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00398  hypothetical protein  42.31 
 
 		 347 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  0.618685 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  39.05 
 
 		 985 aa  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  44.87 
 
 		 375 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 381 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 		 754 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  44.72 
 
 		 375 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 432 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 381 aa  121  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.75 
 
 		 444 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  31.54 
 
 		 459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>