More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1063 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  100 
 
 		 451 aa  939    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  34.4 
 
 		 456 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  30.32 
 
 		 435 aa  226  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  33.25 
 
 		 443 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  31.87 
 
 		 443 aa  192  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  28.7 
 
 		 443 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003740  GGDEF family protein  28.31 
 
 		 445 aa  178  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.440951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02031  response regulator  29.02 
 
 		 448 aa  169  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 559 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 555 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 555 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2879  GGDEF domain-containing protein  28.61 
 
 		 421 aa  129  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 901 aa  129  9.000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  40.68 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.37 
 
 		 634 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  32.86 
 
 		 551 aa  126  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 487 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 237 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 483 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 246 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 220 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 505 aa  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 611 aa  123  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 432 aa  123  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 420 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 557 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 502 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 539 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 492 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 507 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 532 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 476 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 355 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 458 aa  120  6e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.48 
 
 		 484 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 355 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 387 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 768 aa  119  7.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 507 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 496 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 489 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 306 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 306 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.41 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.22 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.48 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 532 aa  118  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.77 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 432 aa  118  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 431 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  37.91 
 
 		 491 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 772 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 441 aa  117  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 580 aa  117  5e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 		 791 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 470 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  34.84 
 
 		 568 aa  117  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 342 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 342 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.85 
 
 		 610 aa  117  6e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 336 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.77 
 
 		 457 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 342 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 477 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 368 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 650 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.44 
 
 		 518 aa  116  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 438 aa  116  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  39.11 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  37.44 
 
 		 516 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  37.93 
 
 		 516 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.41 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.43 
 
 		 681 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 482 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 794 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 775 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.81 
 
 		 689 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 1078 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>