More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002974 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  69.55 
 
 		 486 aa  734    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002974  GGDEF family protein  100 
 
 		 491 aa  1018    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0622  GGDEF family protein  35.93 
 
 		 489 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.237446  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  34.76 
 
 		 490 aa  315  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 476 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  37.91 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 476 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  33.67 
 
 		 470 aa  120  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 591 aa  120  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  40 
 
 		 467 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 		 550 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 1320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 532 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.36 
 
 		 476 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 532 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 526 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 526 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 492 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 492 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 467 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  37.91 
 
 		 451 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 492 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 477 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  33.82 
 
 		 609 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  32.81 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  38.69 
 
 		 507 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 565 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  33.82 
 
 		 709 aa  114  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 492 aa  114  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  36.16 
 
 		 603 aa  114  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 314 aa  113  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 264 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 443 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  32.14 
 
 		 470 aa  113  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 554 aa  113  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 306 aa  113  9e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  34.74 
 
 		 621 aa  113  9e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  31.66 
 
 		 641 aa  113  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  34.67 
 
 		 488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40 
 
 		 409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 528 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 722 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 259 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 		 772 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  34.93 
 
 		 533 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 387 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 384 aa  112  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.15 
 
 		 901 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 386 aa  111  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.09 
 
 		 496 aa  111  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 516 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  34.5 
 
 		 498 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 555 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 522 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 492 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 557 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0332  DNA polymerase III delta prime subunit HolB  34.43 
 
 		 349 aa  110  5e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 492 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 480 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  32.27 
 
 		 458 aa  110  6e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 		 916 aa  110  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 623 aa  110  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 263 aa  110  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 491 aa  110  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 298 aa  110  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  31.82 
 
 		 458 aa  110  7.000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 630 aa  110  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 570 aa  110  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 489 aa  110  8.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 373 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 381 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 492 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 414 aa  109  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 540 aa  109  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 532 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 574 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  31.05 
 
 		 351 aa  109  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 492 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 506 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  33.52 
 
 		 568 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>