More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2835 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 
346 aa  709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
357 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
372 aa  202  7e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  32.95 
 
 
377 aa  186  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  34.5 
 
 
345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  37.25 
 
 
401 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  31.82 
 
 
375 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  31.8 
 
 
388 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  35.47 
 
 
381 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  34.54 
 
 
370 aa  176  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  32.11 
 
 
388 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  33.33 
 
 
375 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  33.02 
 
 
375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  34.4 
 
 
382 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  32.65 
 
 
381 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.94 
 
 
414 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  33.44 
 
 
342 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  33.11 
 
 
382 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1500  diguanylate cyclase  31.81 
 
 
357 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  32.3 
 
 
381 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
487 aa  152  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.54 
 
 
307 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 
512 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 
312 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 
424 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 
310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
821 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  42.62 
 
 
237 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.97 
 
 
464 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  35.34 
 
 
424 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
369 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.43 
 
 
370 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 
308 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 
308 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 
317 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 
317 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
659 aa  142  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
317 aa  142  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
1099 aa  142  8e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  39.25 
 
 
415 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  37.84 
 
 
559 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  31.07 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
380 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.2 
 
 
638 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
505 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  48.7 
 
 
377 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  41.85 
 
 
381 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.53 
 
 
339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40 
 
 
361 aa  139  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.51 
 
 
620 aa  139  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.91 
 
 
362 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
681 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  32.42 
 
 
387 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
357 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  41.38 
 
 
320 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 
565 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 
306 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  34.34 
 
 
610 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 
531 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  34.66 
 
 
426 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  40 
 
 
531 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.51 
 
 
550 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
494 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.44 
 
 
775 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
611 aa  136  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  36.61 
 
 
1726 aa  136  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
373 aa  137  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.22 
 
 
492 aa  136  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  45.06 
 
 
295 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.65 
 
 
594 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 
308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  39.76 
 
 
977 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.01 
 
 
797 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.79 
 
 
623 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
378 aa  136  7.000000000000001e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  35.56 
 
 
1637 aa  135  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.52 
 
 
680 aa  135  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 
564 aa  135  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 
407 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  41.07 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.2 
 
 
413 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  33.05 
 
 
357 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  39.56 
 
 
714 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  43.41 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
470 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
548 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.85 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 
444 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  41.07 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  41.4 
 
 
410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
464 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
467 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.02 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.26 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.95 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 
496 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>