More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0785 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  100 
 
 		 502 aa  1037    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 532 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 493 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.26 
 
 		 493 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 735 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 307 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 620 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 346 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 753 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 738 aa  133  9e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 447 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 555 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  36.41 
 
 		 551 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 555 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 325 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 369 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 791 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 355 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 354 aa  128  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 476 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 483 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 680 aa  128  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 508 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.81 
 
 		 901 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  38.32 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 485 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 486 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 486 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 485 aa  127  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  41.29 
 
 		 531 aa  127  6e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 486 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.71 
 
 		 355 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 482 aa  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 482 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  37.5 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 227 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 343 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  38.6 
 
 		 292 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  44.03 
 
 		 456 aa  125  2e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  31.53 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 454 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 488 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 486 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 247 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 686 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.58 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 306 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 564 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 555 aa  124  5e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 569 aa  123  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 769 aa  123  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 306 aa  123  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 382 aa  123  9e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 794 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  32.35 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40 
 
 		 499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  38.17 
 
 		 451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 237 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  37.64 
 
 		 689 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 1078 aa  121  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.18 
 
 		 425 aa  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.79 
 
 		 712 aa  121  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 775 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 482 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.45 
 
 		 610 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.57 
 
 		 525 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 659 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.23 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  38.83 
 
 		 458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 1774 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.23 
 
 		 307 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.95 
 
 		 320 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  38.01 
 
 		 302 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.92 
 
 		 669 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 237 aa  120  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 526 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 578 aa  120  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 385 aa  120  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.52 
 
 		 418 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 519 aa  120  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 772 aa  120  7e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 489 aa  120  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.45 
 
 		 424 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 768 aa  120  7.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>