More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2856 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 568 aa  1126    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  54.77 
 
 		 636 aa  492  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  29.54 
 
 		 585 aa  225  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 520 aa  208  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 614 aa  204  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 516 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 517 aa  195  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  28.69 
 
 		 599 aa  195  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 507 aa  183  8.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 507 aa  182  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 521 aa  173  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 512 aa  168  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  33.54 
 
 		 510 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 448 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 448 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 317 aa  138  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.92 
 
 		 308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 355 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 340 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 615 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  37.44 
 
 		 668 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.05 
 
 		 791 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.42 
 
 		 355 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 322 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 696 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.72 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 559 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 314 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45 
 
 		 354 aa  124  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.77 
 
 		 518 aa  124  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 360 aa  123  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 461 aa  123  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 355 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 251 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 419 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.6 
 
 		 457 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 464 aa  121  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 460 aa  122  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 775 aa  121  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 258 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 		 312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.89 
 
 		 671 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0579  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 315 aa  120  6e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 474 aa  120  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 499 aa  120  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 381 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 485 aa  120  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 304 aa  120  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 378 aa  120  9e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 550 aa  120  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 642 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 614 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 796 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.98 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 536 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 476 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  39.66 
 
 		 502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  40.88 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.88 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 800 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.52 
 
 		 509 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 202 aa  118  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.43 
 
 		 531 aa  118  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 530 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.1 
 
 		 413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  37.43 
 
 		 1203 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  34.84 
 
 		 451 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 355 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  40 
 
 		 584 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 491 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  42.05 
 
 		 448 aa  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 335 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 375 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.36 
 
 		 346 aa  117  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 312 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 542 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 347 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 313 aa  117  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  35 
 
 		 382 aa  117  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 646 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  32.88 
 
 		 690 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  35.16 
 
 		 381 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 466 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.44 
 
 		 457 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 466 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>