More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0867 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 312 aa  651    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.86 
 
 		 325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.62 
 
 		 305 aa  295  9e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.17 
 
 		 297 aa  276  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.17 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 324 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 		 297 aa  268  8.999999999999999e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2068  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.06 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  42.03 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  42.66 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2152  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.71 
 
 		 300 aa  252  6e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1960  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.79 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.809417  hitchhiker  0.000987173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.33 
 
 		 646 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3480  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.93 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00742863  normal  0.98733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 690 aa  146  5e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.87 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.53 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 772 aa  135  9e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 615 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 		 424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  30.95 
 
 		 1006 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.21 
 
 		 568 aa  129  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 610 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  39.53 
 
 		 518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 432 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.66 
 
 		 791 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.86 
 
 		 634 aa  126  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.21 
 
 		 616 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.72 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 614 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 464 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  36.99 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 324 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  30.84 
 
 		 926 aa  123  4e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 437 aa  123  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 768 aa  122  6e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 439 aa  122  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 1774 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  38.41 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 403 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  38.6 
 
 		 524 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.47 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  28.7 
 
 		 721 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.77 
 
 		 1466 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  31.63 
 
 		 845 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 427 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 282 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.04 
 
 		 843 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 568 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 530 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 636 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 650 aa  120  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 736 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.84 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 638 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 645 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.63 
 
 		 419 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 340 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 354 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 487 aa  119  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.66 
 
 		 981 aa  119  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 353 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.52 
 
 		 469 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 263 aa  119  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 653 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 642 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 422 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 645 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  27.53 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  29.29 
 
 		 591 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.77 
 
 		 466 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 794 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>