More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1658 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  100 
 
 		 354 aa  726    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  82.2 
 
 		 354 aa  604  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  70.71 
 
 		 355 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  66.86 
 
 		 352 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  66.67 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  66.28 
 
 		 355 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  65.62 
 
 		 355 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 369 aa  275  8e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 369 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 372 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 504 aa  242  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 352 aa  211  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 342 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 342 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 360 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 342 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 342 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 342 aa  193  5e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 350 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  35.5 
 
 		 319 aa  189  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.58 
 
 		 339 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  34.15 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 343 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.45 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 352 aa  172  5.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 359 aa  172  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.55 
 
 		 337 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  32.28 
 
 		 339 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  29.11 
 
 		 337 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.23 
 
 		 333 aa  156  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 349 aa  155  7e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.48 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.84 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 753 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.89 
 
 		 457 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.89 
 
 		 457 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  39.48 
 
 		 317 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.13 
 
 		 461 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.56 
 
 		 466 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  45.45 
 
 		 454 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.15 
 
 		 425 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  46.63 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 630 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  46.63 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.89 
 
 		 457 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 341 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 464 aa  145  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.96 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 422 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.76 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 638 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 		 628 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 533 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 532 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.39 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.18 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 578 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 554 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 402 aa  143  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  46.02 
 
 		 457 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 578 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 		 708 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  43.1 
 
 		 461 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  43.1 
 
 		 456 aa  143  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 553 aa  143  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.16 
 
 		 341 aa  143  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  46.25 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 696 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.94 
 
 		 457 aa  142  9e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 493 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 631 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>