More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4463 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  88.95 
 
 		 369 aa  665    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  89.22 
 
 		 369 aa  666    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  100 
 
 		 372 aa  748    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  63.69 
 
 		 352 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  61.14 
 
 		 353 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  58.79 
 
 		 353 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 355 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 352 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  43.44 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.81 
 
 		 355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.4 
 
 		 355 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 350 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 351 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 352 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 504 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 352 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 352 aa  173  5e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 359 aa  169  6e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 360 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 341 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.4 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 347 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 342 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 343 aa  164  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 341 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.12 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.82 
 
 		 333 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 347 aa  159  7e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  33.02 
 
 		 339 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 350 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.88 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 368 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.04 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 340 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.3 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 339 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 341 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  31.93 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 355 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  28.92 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  28.83 
 
 		 337 aa  143  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  26.18 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.79 
 
 		 425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 641 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.3 
 
 		 418 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 506 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 420 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.66 
 
 		 628 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 625 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 355 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.86 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 516 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.53 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 625 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.32 
 
 		 316 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 625 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 378 aa  126  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 454 aa  125  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 516 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 578 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  35.68 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.8 
 
 		 890 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 516 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 		 890 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  28.66 
 
 		 334 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 624 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 578 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.32 
 
 		 506 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 506 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>