More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3324 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  100 
 
 		 353 aa  701    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  83.29 
 
 		 353 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  59.31 
 
 		 369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  58.74 
 
 		 369 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  58.79 
 
 		 372 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  55.24 
 
 		 352 aa  381  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  44.35 
 
 		 355 aa  305  7e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 355 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.81 
 
 		 354 aa  296  4e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  43.71 
 
 		 355 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 352 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  42.81 
 
 		 355 aa  288  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 351 aa  230  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 350 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  35.99 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 504 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 351 aa  182  7e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.36 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  31.69 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 368 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 342 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.09 
 
 		 328 aa  165  9e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.75 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.45 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 341 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  29.82 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 341 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 341 aa  159  9e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  29.24 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 359 aa  158  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 341 aa  158  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.46 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.23 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.15 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 374 aa  149  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 308 aa  143  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  26.75 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  28.23 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 485 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 485 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 650 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.98 
 
 		 348 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.98 
 
 		 348 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 696 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 668 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 671 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  39.29 
 
 		 677 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 556 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 645 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 642 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.28 
 
 		 418 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 614 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 432 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  44.16 
 
 		 565 aa  129  6e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 516 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.28 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 538 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.67 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  41.18 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 387 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  36.41 
 
 		 690 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 772 aa  128  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.25 
 
 		 531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.94 
 
 		 474 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.46 
 
 		 425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  38.55 
 
 		 494 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>