More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1795 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  100 
 
 		 339 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  71.39 
 
 		 341 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  70.8 
 
 		 341 aa  518  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  68.44 
 
 		 341 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  68.14 
 
 		 341 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  68.44 
 
 		 341 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  68.44 
 
 		 341 aa  498  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  66.67 
 
 		 341 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  67.26 
 
 		 341 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  66.96 
 
 		 341 aa  496  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  67.85 
 
 		 341 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  66.67 
 
 		 341 aa  491  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  62.24 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  66.86 
 
 		 347 aa  457  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  59 
 
 		 341 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  60.77 
 
 		 341 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  47.62 
 
 		 337 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  46.9 
 
 		 339 aa  347  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  45.83 
 
 		 337 aa  342  5.999999999999999e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 340 aa  308  8e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 355 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 351 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 352 aa  165  9e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 351 aa  159  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 		 355 aa  159  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 355 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31.45 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  29.54 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 355 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 369 aa  149  9e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.28 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 352 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 368 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 352 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 350 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 342 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 343 aa  140  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.5 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  27.58 
 
 		 333 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  25.79 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.66 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 359 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  43.64 
 
 		 234 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 544 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 476 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 220 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40 
 
 		 574 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.98 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 504 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 172 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 516 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 623 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 628 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.88 
 
 		 664 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 508 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 490 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 758 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 460 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 490 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 611 aa  114  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 563 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 485 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.74 
 
 		 772 aa  113  4.0000000000000004e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 378 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 486 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 486 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.93 
 
 		 460 aa  112  7.000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 486 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 486 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 452 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  39.51 
 
 		 320 aa  112  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>