More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0404 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  100 
 
 		 378 aa  753    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 343 aa  242  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 374 aa  192  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 351 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 354 aa  177  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 363 aa  176  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.82 
 
 		 355 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.43 
 
 		 355 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 348 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 352 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 352 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 350 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 352 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  30.46 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  33.23 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.19 
 
 		 355 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.75 
 
 		 941 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 518 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 359 aa  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 530 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 368 aa  137  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 343 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 352 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 342 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 554 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  28.21 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  28.71 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 696 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  46.03 
 
 		 583 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 372 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.79 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 341 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  27.95 
 
 		 339 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  32.6 
 
 		 518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 454 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 728 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.21 
 
 		 418 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  29.18 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 		 312 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  28.03 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 1078 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 518 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  34.63 
 
 		 585 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 548 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 496 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 419 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 432 aa  123  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 341 aa  123  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 539 aa  122  7e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  38.54 
 
 		 677 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.44 
 
 		 425 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 461 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33 
 
 		 659 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  27.71 
 
 		 341 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 536 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  39.34 
 
 		 690 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.53 
 
 		 568 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 735 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 333 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 514 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 339 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>