More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2049 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  95.92 
 
 		 342 aa  634    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  100 
 
 		 319 aa  658    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  95.61 
 
 		 342 aa  629  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  89.34 
 
 		 368 aa  599  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  84.95 
 
 		 342 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  85.27 
 
 		 342 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  85.27 
 
 		 342 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  85.27 
 
 		 342 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  94.74 
 
 		 308 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  61.13 
 
 		 343 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  60.06 
 
 		 340 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  59.87 
 
 		 347 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  57.73 
 
 		 347 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  58.81 
 
 		 339 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  56.43 
 
 		 350 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  49.21 
 
 		 355 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 354 aa  195  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 354 aa  189  7e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 355 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.02 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 352 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 353 aa  176  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 353 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 355 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 352 aa  162  6e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 369 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 372 aa  161  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  30.82 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.82 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 369 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 349 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30.5 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 352 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  48.59 
 
 		 457 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 343 aa  148  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.91 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  28.3 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.82 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.95 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 504 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 451 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 341 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 359 aa  143  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 341 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 341 aa  142  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  48.59 
 
 		 507 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 341 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 591 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  45.51 
 
 		 454 aa  139  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 366 aa  139  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 768 aa  139  7.999999999999999e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 341 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.92 
 
 		 466 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.6 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.72 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.63 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  47.24 
 
 		 457 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  41.95 
 
 		 455 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 460 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  46.63 
 
 		 457 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.22 
 
 		 565 aa  135  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 510 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.84 
 
 		 550 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 492 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  30.7 
 
 		 347 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 599 aa  135  9e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 622 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.01 
 
 		 457 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 569 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.78 
 
 		 485 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 772 aa  133  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  42.44 
 
 		 456 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>