More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0339 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  59.48 
 
 		 645 aa  742    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  58.92 
 
 		 642 aa  742    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  100 
 
 		 677 aa  1363    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  57.33 
 
 		 645 aa  731    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  77.2 
 
 		 690 aa  982    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  60.37 
 
 		 696 aa  788    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  58.39 
 
 		 653 aa  719    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  52.58 
 
 		 671 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  52.8 
 
 		 668 aa  591  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  57.7 
 
 		 614 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 461 aa  239  9e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.68 
 
 		 565 aa  238  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 508 aa  220  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  28.6 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  28.39 
 
 		 516 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 451 aa  203  9e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 460 aa  188  3e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.33 
 
 		 518 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 530 aa  177  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  33 
 
 		 518 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 518 aa  173  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 518 aa  171  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 518 aa  171  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 518 aa  171  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 514 aa  171  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 518 aa  170  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 518 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 518 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  34.01 
 
 		 518 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 518 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 518 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  33.73 
 
 		 536 aa  164  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 559 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  40.84 
 
 		 520 aa  155  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  29.97 
 
 		 521 aa  153  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 403 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 354 aa  142  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 520 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  46.25 
 
 		 306 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  29.75 
 
 		 524 aa  140  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  46.25 
 
 		 307 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 297 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 312 aa  140  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 464 aa  139  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 492 aa  139  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 349 aa  139  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 459 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.67 
 
 		 797 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  30.32 
 
 		 518 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 297 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 507 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 614 aa  137  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 498 aa  137  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 438 aa  136  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 507 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.17 
 
 		 302 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 303 aa  136  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  40.86 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 307 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 516 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45 
 
 		 227 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 		 524 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 395 aa  135  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 395 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 901 aa  134  5e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 317 aa  134  6e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 661 aa  134  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 347 aa  134  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  39.41 
 
 		 427 aa  134  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 354 aa  134  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 353 aa  134  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 353 aa  133  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 454 aa  133  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 403 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 624 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 355 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 610 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 791 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.16 
 
 		 820 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 355 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.65 
 
 		 474 aa  132  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 476 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.89 
 
 		 550 aa  132  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 493 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 433 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 464 aa  131  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 1078 aa  131  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 314 aa  130  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 304 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 516 aa  130  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 622 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 316 aa  130  7.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 505 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 237 aa  130  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1617  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 514 aa  130  9.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 794 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>