More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3309 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  70.06 
 
 		 518 aa  746    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  80.12 
 
 		 518 aa  849    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  79.73 
 
 		 518 aa  846    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  80.51 
 
 		 518 aa  851    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  78.75 
 
 		 518 aa  847    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  80.93 
 
 		 518 aa  841    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  78.12 
 
 		 518 aa  830    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  86.19 
 
 		 518 aa  907    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  80.31 
 
 		 518 aa  850    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  100 
 
 		 514 aa  1040    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  80.31 
 
 		 518 aa  849    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  68.04 
 
 		 518 aa  697    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  79.34 
 
 		 518 aa  848    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  79.34 
 
 		 518 aa  848    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  67.45 
 
 		 530 aa  726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  79.34 
 
 		 518 aa  850    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  30.46 
 
 		 518 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  29.53 
 
 		 536 aa  222  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  30.33 
 
 		 521 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 614 aa  192  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 461 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  27.91 
 
 		 520 aa  186  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  27.8 
 
 		 518 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  26.1 
 
 		 565 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  27.36 
 
 		 524 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 696 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 642 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  33.87 
 
 		 668 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  34.19 
 
 		 671 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  29.83 
 
 		 645 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 460 aa  172  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.51 
 
 		 508 aa  171  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.6 
 
 		 645 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  32.93 
 
 		 677 aa  170  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  31.17 
 
 		 690 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 653 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 451 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 559 aa  150  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.44 
 
 		 516 aa  149  8e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.24 
 
 		 516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 622 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.7 
 
 		 355 aa  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.29 
 
 		 820 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.24 
 
 		 474 aa  134  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.62 
 
 		 624 aa  133  9e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 610 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 342 aa  131  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 382 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 461 aa  130  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 625 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.34 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 631 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  39.89 
 
 		 1726 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 791 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.33 
 
 		 560 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 625 aa  128  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 625 aa  128  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.25 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 624 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.03 
 
 		 625 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.62 
 
 		 308 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 304 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 391 aa  126  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 722 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 621 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 464 aa  126  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  34.5 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 680 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 330 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 732 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37.5 
 
 		 275 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  38.22 
 
 		 235 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  39.1 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 495 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 388 aa  124  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 459 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 732 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.95 
 
 		 960 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 253 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 388 aa  124  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 314 aa  124  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 414 aa  124  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 355 aa  124  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 457 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 438 aa  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.25 
 
 		 345 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.33 
 
 		 772 aa  123  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 556 aa  124  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 377 aa  123  7e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.89 
 
 		 345 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 349 aa  123  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 464 aa  123  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  38.92 
 
 		 609 aa  123  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.88 
 
 		 323 aa  123  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 521 aa  123  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 345 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>