More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6679 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
457 aa  899    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  92.56 
 
 
457 aa  837    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.68 
 
 
457 aa  638    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.55 
 
 
457 aa  616  1e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  70.02 
 
 
457 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.02 
 
 
457 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  58.44 
 
 
466 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  61.05 
 
 
457 aa  544  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  60.61 
 
 
457 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  60.18 
 
 
457 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  59.96 
 
 
457 aa  529  1e-149  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  55.14 
 
 
457 aa  501  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  56.28 
 
 
457 aa  498  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  53.83 
 
 
457 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  53.83 
 
 
457 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.04 
 
 
469 aa  491  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  54.59 
 
 
457 aa  485  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  53.83 
 
 
455 aa  472  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.17 
 
 
457 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  50.66 
 
 
454 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  48.05 
 
 
461 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  46.54 
 
 
461 aa  422  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  47.92 
 
 
458 aa  419  1e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  47.82 
 
 
458 aa  419  1e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  46.32 
 
 
456 aa  413  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  43.7 
 
 
460 aa  405  1.0000000000000001e-112  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.56 
 
 
454 aa  399  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  39.48 
 
 
456 aa  333  4e-90  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.05 
 
 
462 aa  286  7e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.96 
 
 
464 aa  281  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.39 
 
 
461 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.39 
 
 
461 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 
461 aa  206  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.45 
 
 
467 aa  200  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.16 
 
 
464 aa  194  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.72 
 
 
481 aa  194  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.51 
 
 
481 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.46 
 
 
308 aa  190  5e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 
308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 
314 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 
309 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.82 
 
 
316 aa  180  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 
362 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 
359 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.92 
 
 
301 aa  172  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
314 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 
322 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.86 
 
 
316 aa  171  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 
322 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  36.36 
 
 
334 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
351 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.26 
 
 
319 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 
323 aa  167  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 
355 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  35.22 
 
 
302 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  30.69 
 
 
705 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.87 
 
 
306 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
334 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.66 
 
 
715 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  30.87 
 
 
705 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.21 
 
 
306 aa  164  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
353 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
354 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
354 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 
334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.09 
 
 
335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.07 
 
 
314 aa  163  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.66 
 
 
322 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.09 
 
 
335 aa  163  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.05 
 
 
317 aa  162  8.000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 
301 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  36.36 
 
 
334 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.51 
 
 
333 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  38.93 
 
 
310 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.78 
 
 
334 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.64 
 
 
310 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 
308 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.99 
 
 
347 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 
461 aa  159  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  34.93 
 
 
323 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 
357 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  37.78 
 
 
357 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.5 
 
 
345 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.67 
 
 
327 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  32.23 
 
 
414 aa  157  4e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 
313 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
322 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 
322 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.97 
 
 
539 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.42 
 
 
324 aa  155  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.52 
 
 
344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 
312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  29.34 
 
 
719 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.82 
 
 
312 aa  154  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  30.91 
 
 
315 aa  154  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  49.38 
 
 
680 aa  153  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>