More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1332 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
306 aa  623  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  97.06 
 
 
306 aa  610  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  63.16 
 
 
308 aa  394  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.18 
 
 
309 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  59.87 
 
 
314 aa  376  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  56.07 
 
 
310 aa  348  8e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
322 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 
322 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.37 
 
 
351 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.41 
 
 
322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 
308 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 
308 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
312 aa  204  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
317 aa  203  3e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.66 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.63 
 
 
327 aa  199  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 
337 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.44 
 
 
347 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  39.26 
 
 
301 aa  192  6e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 
357 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.94 
 
 
316 aa  192  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.88 
 
 
540 aa  192  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 
314 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.46 
 
 
457 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 
330 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  37.38 
 
 
357 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.53 
 
 
308 aa  191  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 
355 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37.79 
 
 
460 aa  190  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  37.81 
 
 
327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 
353 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 
345 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  39.8 
 
 
301 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.82 
 
 
317 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
354 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.82 
 
 
317 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
354 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 
333 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 
334 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.73 
 
 
372 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  38.87 
 
 
335 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
334 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 
341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.29 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.56 
 
 
334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 
322 aa  182  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
434 aa  182  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.54 
 
 
314 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.74 
 
 
334 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 
454 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  35.33 
 
 
542 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  35 
 
 
542 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.94 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.69 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 
362 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.46 
 
 
457 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 
556 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  37.93 
 
 
334 aa  178  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  35.57 
 
 
312 aa  178  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 
304 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.48 
 
 
303 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
455 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.8 
 
 
457 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.74 
 
 
457 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 
313 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 
300 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.3 
 
 
349 aa  176  5e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 
316 aa  176  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 
941 aa  176  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 
461 aa  175  7e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.92 
 
 
469 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 
353 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  39.3 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.13 
 
 
455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.77 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  36.88 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
434 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
434 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.75 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 
308 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  34.75 
 
 
315 aa  172  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.34 
 
 
451 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  36.75 
 
 
310 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.22 
 
 
335 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.91 
 
 
466 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
715 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.34 
 
 
452 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.45 
 
 
459 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  32.13 
 
 
323 aa  171  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  36.19 
 
 
318 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  34.43 
 
 
551 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.01 
 
 
451 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 
359 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 
338 aa  169  6e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>