More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3005 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 303 aa  617  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 434 aa  266  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 330 aa  235  6e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 360 aa  228  8e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 353 aa  220  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.37 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.37 
 
 		 341 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.44 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 308 aa  209  7e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 461 aa  206  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  38.31 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  37.87 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 312 aa  199  7e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  35 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  35.74 
 
 		 344 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  39.93 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  38.78 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 344 aa  192  7e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.16 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 351 aa  185  8e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 327 aa  185  9e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 455 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 359 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 315 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.52 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 333 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 335 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 334 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.75 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 324 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.92 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 349 aa  175  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 308 aa  175  7e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 314 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  33 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 481 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  34.23 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 334 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 481 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  37.13 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 591 aa  172  6.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  35.35 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 660 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 660 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.74 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  36.76 
 
 		 327 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 357 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.78 
 
 		 1262 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  31.79 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  33.89 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.9 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.33 
 
 		 664 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>