More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1228 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
349 aa  712    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.7 
 
 
308 aa  287  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.82 
 
 
322 aa  279  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 
337 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.55 
 
 
310 aa  263  3e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.41 
 
 
316 aa  262  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.99 
 
 
315 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.34 
 
 
310 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 
310 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  42.9 
 
 
310 aa  255  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.01 
 
 
310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 
312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  44.94 
 
 
318 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.26 
 
 
455 aa  250  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.08 
 
 
308 aa  249  3e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 
324 aa  250  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
306 aa  245  8e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.3 
 
 
338 aa  243  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.3 
 
 
353 aa  242  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  40.99 
 
 
347 aa  238  8e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 
319 aa  236  6e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  39.68 
 
 
312 aa  235  9e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
300 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 
323 aa  232  9e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
310 aa  231  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  39.62 
 
 
315 aa  230  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
341 aa  224  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.83 
 
 
306 aa  224  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.3 
 
 
340 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  41.36 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
330 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
304 aa  220  3e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 
312 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 
301 aa  216  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.16 
 
 
308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.32 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.32 
 
 
322 aa  209  5e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.39 
 
 
302 aa  208  9e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  39.81 
 
 
334 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.73 
 
 
334 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 
344 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  34.65 
 
 
329 aa  206  5e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.1 
 
 
434 aa  205  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
301 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 
335 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  38.19 
 
 
305 aa  204  2e-51  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 
360 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 
461 aa  203  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  39.17 
 
 
334 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  40.76 
 
 
305 aa  202  6e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 
334 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 
308 aa  202  9e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.06 
 
 
322 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 
334 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 
322 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  37.42 
 
 
347 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.71 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.75 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  34.75 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.61 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 
351 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  37.12 
 
 
327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.79 
 
 
335 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 
359 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  36.92 
 
 
354 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  36.92 
 
 
354 aa  193  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 
353 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.06 
 
 
322 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  37.5 
 
 
344 aa  190  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
341 aa  189  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
341 aa  189  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 
357 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 
314 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 
306 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 
306 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  36.11 
 
 
357 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.93 
 
 
355 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.94 
 
 
372 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
303 aa  186  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.82 
 
 
345 aa  185  9e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  36.93 
 
 
323 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
344 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 
322 aa  179  8e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.45 
 
 
308 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3274  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  64.39 
 
 
383 aa  176  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0975  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  64.39 
 
 
383 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  36.84 
 
 
319 aa  176  8e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.65 
 
 
362 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 
309 aa  175  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.3 
 
 
310 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.03 
 
 
434 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.03 
 
 
434 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>