More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3669 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  100 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  45.49 
 
 		 312 aa  275  8e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 310 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 319 aa  263  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.03 
 
 		 315 aa  261  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  44.97 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.56 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  43.62 
 
 		 329 aa  258  7e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 308 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 312 aa  248  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 316 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  41.98 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 315 aa  239  5e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  40.86 
 
 		 318 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 308 aa  231  9e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 330 aa  226  3e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  39.93 
 
 		 347 aa  223  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 353 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 310 aa  221  9e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 455 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 349 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.82 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 338 aa  209  3e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  38.64 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 313 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 340 aa  205  8e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 324 aa  202  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 434 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 341 aa  199  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.9 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 461 aa  195  9e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 344 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  37.33 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  38.1 
 
 		 299 aa  192  7e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 335 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.81 
 
 		 344 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  36.16 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.46 
 
 		 347 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  36.16 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 333 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 334 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.14 
 
 		 327 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 362 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 345 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 351 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 353 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 354 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 354 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 317 aa  171  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  34.13 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 355 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 357 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 322 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 322 aa  169  6e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  33.67 
 
 		 565 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  36.22 
 
 		 319 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.49 
 
 		 628 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 457 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  45.25 
 
 		 528 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 434 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 434 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.49 
 
 		 642 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  35.14 
 
 		 466 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  46.28 
 
 		 252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  46.93 
 
 		 555 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 509 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 518 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 634 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>