More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4228 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  98.8 
 
 
335 aa  676    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
334 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  94.31 
 
 
334 aa  643    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  96.41 
 
 
334 aa  662    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  83.13 
 
 
334 aa  577  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  82.53 
 
 
334 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  81.68 
 
 
333 aa  567  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  75.39 
 
 
347 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  76.03 
 
 
327 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.81 
 
 
359 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  69.85 
 
 
335 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.74 
 
 
362 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.72 
 
 
357 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.69 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  64.04 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.85 
 
 
353 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  62.78 
 
 
355 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.78 
 
 
345 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  61.54 
 
 
354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  61.54 
 
 
354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.59 
 
 
337 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  45.16 
 
 
327 aa  223  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  42.27 
 
 
306 aa  222  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.27 
 
 
353 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.38 
 
 
344 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.07 
 
 
313 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.63 
 
 
330 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.61 
 
 
461 aa  209  7e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.14 
 
 
316 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
315 aa  206  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 
341 aa  204  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.42 
 
 
357 aa  204  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.81 
 
 
340 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40.56 
 
 
310 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 
308 aa  199  7e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.86 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.85 
 
 
310 aa  195  7e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 
349 aa  194  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  34.86 
 
 
323 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
310 aa  193  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 
455 aa  192  7e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.52 
 
 
319 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.79 
 
 
300 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 
306 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  54.55 
 
 
1262 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
312 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.62 
 
 
312 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  63.43 
 
 
389 aa  185  8e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.68 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.69 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  52 
 
 
536 aa  182  9.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.46 
 
 
310 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
308 aa  181  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  36.91 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 
310 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.41 
 
 
303 aa  178  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.4 
 
 
481 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 
310 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.4 
 
 
481 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.7 
 
 
462 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
351 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
315 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 
664 aa  176  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  60.27 
 
 
365 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  60.27 
 
 
365 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  60.27 
 
 
364 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  60.27 
 
 
364 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  60.27 
 
 
365 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  60.27 
 
 
365 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 
360 aa  176  5e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.7 
 
 
462 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  60.27 
 
 
364 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 
434 aa  176  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  60.27 
 
 
364 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  56.02 
 
 
488 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.02 
 
 
734 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3785  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.76138  normal  0.119263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2309  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.556346 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4578  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3738  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
363 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.524065  normal  0.172918 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  35.17 
 
 
304 aa  172  5.999999999999999e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4947  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  64.34 
 
 
377 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.59 
 
 
352 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5512  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
377 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  51.22 
 
 
340 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3678  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  62.69 
 
 
363 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.4977  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  47.16 
 
 
547 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 
308 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.92 
 
 
344 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  55.49 
 
 
512 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  53.29 
 
 
516 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3802  response regulator receiver modulated serine phosphatase  60.74 
 
 
393 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.477794  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>