More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3123 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
312 aa  647    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.95 
 
 
319 aa  323  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.01 
 
 
315 aa  309  5e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 
310 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.32 
 
 
310 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.99 
 
 
310 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  46.05 
 
 
323 aa  296  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.58 
 
 
322 aa  295  6e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  46.13 
 
 
315 aa  294  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.6 
 
 
308 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.29 
 
 
316 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.3 
 
 
310 aa  271  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.76 
 
 
310 aa  262  6.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.76 
 
 
308 aa  261  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  47.04 
 
 
318 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.24 
 
 
338 aa  256  4e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  42.81 
 
 
306 aa  252  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  47.28 
 
 
310 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
300 aa  248  6e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.79 
 
 
353 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.55 
 
 
304 aa  247  2e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.78 
 
 
455 aa  245  8e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.45 
 
 
349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.69 
 
 
324 aa  242  6e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  43.3 
 
 
312 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  41.89 
 
 
347 aa  239  4e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.27 
 
 
308 aa  235  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.52 
 
 
330 aa  228  1e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.42 
 
 
302 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.06 
 
 
337 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 
306 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 
341 aa  220  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  38.41 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.83 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  39.38 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  38.24 
 
 
327 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  37.54 
 
 
344 aa  209  6e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  37.79 
 
 
306 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  39.06 
 
 
299 aa  206  3e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  41.5 
 
 
305 aa  205  7e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 
314 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 
461 aa  205  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.84 
 
 
300 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 
344 aa  201  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 
313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 
360 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 
308 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.85 
 
 
344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
340 aa  196  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 
434 aa  196  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.69 
 
 
322 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.56 
 
 
351 aa  195  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 
322 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.49 
 
 
322 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 
301 aa  192  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  35.22 
 
 
310 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  37.7 
 
 
334 aa  188  9e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
334 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 
322 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 
333 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
334 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.26 
 
 
334 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.35 
 
 
335 aa  185  9e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 
335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.74 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.74 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 
312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.06 
 
 
334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 
341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 
341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 
359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
372 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 
317 aa  178  9e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.76 
 
 
347 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.69 
 
 
327 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.27 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
313 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  48.5 
 
 
591 aa  170  3e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 
300 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  34.73 
 
 
323 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.75 
 
 
660 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.75 
 
 
660 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 
890 aa  169  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 
481 aa  169  8e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.8 
 
 
890 aa  169  8e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
362 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 
509 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 
481 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  52.8 
 
 
328 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  46.81 
 
 
533 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.49 
 
 
634 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.95 
 
 
960 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  34.63 
 
 
319 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  47.28 
 
 
536 aa  165  9e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  49.71 
 
 
625 aa  165  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>