More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3544 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
322 aa  660    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53 
 
 
319 aa  333  2e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.58 
 
 
315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.67 
 
 
310 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.67 
 
 
310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.67 
 
 
310 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.58 
 
 
312 aa  295  6e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
315 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 
323 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.53 
 
 
310 aa  280  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 
316 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  46.58 
 
 
300 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.19 
 
 
308 aa  277  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.27 
 
 
308 aa  271  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  44.48 
 
 
306 aa  268  8e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.74 
 
 
349 aa  265  5e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  45.89 
 
 
312 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 
455 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  44.56 
 
 
304 aa  263  2e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  48.03 
 
 
318 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.56 
 
 
310 aa  257  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 
324 aa  257  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
347 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  46 
 
 
310 aa  245  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.5 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.4 
 
 
338 aa  239  2.9999999999999997e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.64 
 
 
308 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 
306 aa  226  4e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  41.03 
 
 
299 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  39.66 
 
 
329 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 
341 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 
301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  39.2 
 
 
306 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.09 
 
 
461 aa  216  5e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.69 
 
 
327 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.95 
 
 
353 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0421  response regulatory protein  39.38 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.972098  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.03 
 
 
340 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.59 
 
 
308 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.74 
 
 
302 aa  209  6e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.27 
 
 
308 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.27 
 
 
308 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.36 
 
 
300 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.02 
 
 
330 aa  207  3e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 
434 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.16 
 
 
314 aa  203  4e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  41.1 
 
 
305 aa  202  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  37.85 
 
 
334 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.91 
 
 
344 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  37.54 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.07 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.07 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.86 
 
 
334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
333 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  36.54 
 
 
335 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.54 
 
 
334 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  37.91 
 
 
344 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.54 
 
 
322 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 
351 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 
322 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 
434 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.95 
 
 
434 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.94 
 
 
312 aa  192  5e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.66 
 
 
334 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.48 
 
 
344 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 
317 aa  189  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
313 aa  189  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.15 
 
 
314 aa  190  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 
303 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  36.42 
 
 
347 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1556  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.26 
 
 
300 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
359 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.39 
 
 
335 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
310 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.25 
 
 
308 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  36.02 
 
 
327 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
309 aa  186  7e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.66 
 
 
360 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 
372 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.4 
 
 
322 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 
362 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  33.96 
 
 
357 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 
357 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 
509 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
355 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 
310 aa  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 
300 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 
301 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.33 
 
 
890 aa  169  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.74 
 
 
890 aa  169  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
345 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.82 
 
 
353 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  34.21 
 
 
323 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  33.55 
 
 
466 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  51.53 
 
 
339 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  32.82 
 
 
354 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  32.82 
 
 
354 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 
322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.93 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>