More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1309 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  94.91 
 
 
334 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  100 
 
 
334 aa  685    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  83.43 
 
 
334 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  82.83 
 
 
335 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  83.13 
 
 
333 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  83.13 
 
 
334 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  82.53 
 
 
334 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  77.3 
 
 
347 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  78.8 
 
 
327 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.52 
 
 
359 aa  474  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  70.13 
 
 
335 aa  461  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  65.2 
 
 
362 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.56 
 
 
372 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  63.12 
 
 
355 aa  421  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  62.27 
 
 
357 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.96 
 
 
357 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  62.11 
 
 
353 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  61.8 
 
 
354 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  61.8 
 
 
354 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  64.56 
 
 
345 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
337 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.61 
 
 
338 aa  223  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  45.13 
 
 
327 aa  222  9e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.28 
 
 
313 aa  216  5e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 
344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  39.94 
 
 
306 aa  212  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.43 
 
 
316 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 
340 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  37.06 
 
 
315 aa  205  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.03 
 
 
341 aa  203  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
308 aa  202  5e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 
322 aa  202  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  39.44 
 
 
310 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
330 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.49 
 
 
461 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 
310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 
319 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 
349 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  35.38 
 
 
318 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.37 
 
 
322 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  35.14 
 
 
323 aa  190  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 
455 aa  188  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
310 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 
312 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.44 
 
 
481 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 
357 aa  187  2e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.44 
 
 
481 aa  186  5e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.92 
 
 
310 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.54 
 
 
315 aa  185  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  52.22 
 
 
1262 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.92 
 
 
310 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.16 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.04 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.46 
 
 
434 aa  182  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.56 
 
 
306 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  34.72 
 
 
312 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 
344 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  38.32 
 
 
304 aa  181  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.52 
 
 
303 aa  179  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  38.04 
 
 
344 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 
306 aa  178  9e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 
308 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 
322 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0833  response regulator  61.19 
 
 
389 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.106584  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 
322 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 
351 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
347 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  50.29 
 
 
536 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  44.22 
 
 
462 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  44.22 
 
 
462 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.17 
 
 
324 aa  175  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.16 
 
 
308 aa  175  8e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.74 
 
 
457 aa  175  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.46 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0216  sensor histidine kinase/response regulator  58.9 
 
 
364 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.64 
 
 
664 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1396  response regulator/sensor histidine kinase  58.9 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0969  sensor histidine kinase/response regulator  58.9 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2544  response regulator/sensor histidine kinase  58.9 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1593  response regulator/sensor histidine kinase  58.9 
 
 
364 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2689  response regulator/sensor histidine kinase  58.9 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0252  response regulator/sensor histidine kinase  58.9 
 
 
365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.549911  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.59 
 
 
308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 
465 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.51 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0500  sensor histidine kinase/response regulator  58.9 
 
 
364 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.823251  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3678  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  61.15 
 
 
363 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.4977  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.63 
 
 
300 aa  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  53.94 
 
 
512 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 
312 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3738  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.14 
 
 
363 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.524065  normal  0.172918 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.71 
 
 
309 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.04 
 
 
734 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  47.73 
 
 
339 aa  170  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4578  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.14 
 
 
377 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3785  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  57.14 
 
 
377 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.76138  normal  0.119263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>