More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0926 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  76.37 
 
 		 457 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  100 
 
 		 455 aa  908    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  77.02 
 
 		 457 aa  713    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  73.52 
 
 		 457 aa  670    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  60.18 
 
 		 457 aa  528  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  59.11 
 
 		 466 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  59.3 
 
 		 457 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  58.86 
 
 		 457 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  59.74 
 
 		 457 aa  518  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  58.64 
 
 		 457 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  57.99 
 
 		 457 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  56.18 
 
 		 461 aa  504  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  57.33 
 
 		 457 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  57.3 
 
 		 457 aa  497  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.83 
 
 		 457 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  53.36 
 
 		 461 aa  467  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.15 
 
 		 457 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  53.36 
 
 		 456 aa  456  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.08 
 
 		 457 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.32 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.43 
 
 		 454 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.22 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  52.3 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  50.33 
 
 		 454 aa  423  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.3 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.53 
 
 		 457 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  45.43 
 
 		 460 aa  402  1e-111  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  44.42 
 
 		 458 aa  390  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  43.89 
 
 		 458 aa  391  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  41.61 
 
 		 456 aa  350  3e-95  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 464 aa  293  5e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.41 
 
 		 462 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 461 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 461 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 461 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 464 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 309 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 467 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.72 
 
 		 316 aa  196  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.02 
 
 		 308 aa  193  6e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.97 
 
 		 310 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.67 
 
 		 707 aa  178  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 306 aa  177  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 308 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 308 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 306 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 322 aa  173  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 351 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 322 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 322 aa  170  5e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 		 565 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 317 aa  169  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  31.9 
 
 		 705 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 314 aa  168  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  31.55 
 
 		 719 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  31.59 
 
 		 719 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36 
 
 		 302 aa  167  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 312 aa  167  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 461 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.4 
 
 		 300 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.91 
 
 		 715 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.75 
 
 		 715 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 317 aa  163  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 317 aa  163  7e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 344 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 316 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 715 aa  162  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  31.52 
 
 		 705 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 		 323 aa  161  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 322 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 349 aa  160  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 357 aa  160  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  34.66 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.99 
 
 		 347 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 772 aa  159  8e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 901 aa  159  9e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 355 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 536 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 574 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  33.96 
 
 		 344 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.67 
 
 		 327 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.75 
 
 		 610 aa  157  5.0000000000000005e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 319 aa  156  6e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 661 aa  156  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.05 
 
 		 335 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 632 aa  156  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 353 aa  156  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 338 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 354 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  35.22 
 
 		 334 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 354 aa  155  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 310 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>