More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2754 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  100 
 
 		 518 aa  1050    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  76.79 
 
 		 518 aa  826    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  78.38 
 
 		 518 aa  844    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  76.21 
 
 		 518 aa  825    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  76.21 
 
 		 518 aa  823    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  80.93 
 
 		 514 aa  858    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  77.22 
 
 		 518 aa  831    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  76.79 
 
 		 518 aa  828    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  76.6 
 
 		 518 aa  828    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  67.57 
 
 		 518 aa  706    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  77.76 
 
 		 518 aa  841    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  76.79 
 
 		 518 aa  831    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  76.79 
 
 		 518 aa  831    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  65.96 
 
 		 518 aa  709    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  76.4 
 
 		 518 aa  826    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  66.15 
 
 		 530 aa  727    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.01 
 
 		 518 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  27.02 
 
 		 536 aa  211  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  29.2 
 
 		 521 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 461 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  29.69 
 
 		 524 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  28.45 
 
 		 518 aa  190  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 696 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 614 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 		 668 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  25.71 
 
 		 565 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 645 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 642 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  34.92 
 
 		 671 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.05 
 
 		 645 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  26.95 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 653 aa  174  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  33.68 
 
 		 677 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.33 
 
 		 690 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  33 
 
 		 460 aa  170  7e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 451 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.75 
 
 		 508 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  28.03 
 
 		 516 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 559 aa  156  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.63 
 
 		 516 aa  154  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 622 aa  143  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.2 
 
 		 355 aa  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 342 aa  137  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  41.57 
 
 		 474 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  36.99 
 
 		 560 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 631 aa  134  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  39.88 
 
 		 308 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.31 
 
 		 308 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  40.12 
 
 		 275 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 235 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 820 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 461 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 388 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 624 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 316 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 625 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 625 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 791 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.53 
 
 		 624 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 459 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 614 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  37.16 
 
 		 1726 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.16 
 
 		 722 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 343 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.04 
 
 		 301 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36 
 
 		 555 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.64 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 680 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 610 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 237 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 427 aa  127  6e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 304 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.48 
 
 		 325 aa  127  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 324 aa  126  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.27 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 732 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 320 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 345 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 901 aa  125  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 325 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 377 aa  125  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 732 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 569 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 		 772 aa  125  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 483 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 460 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.94 
 
 		 1260 aa  124  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  40.96 
 
 		 412 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 345 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>