More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0144 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  90.59 
 
 		 645 aa  1147    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  58.92 
 
 		 677 aa  684    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  59.42 
 
 		 690 aa  723    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  80.42 
 
 		 653 aa  1001    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  100 
 
 		 642 aa  1281    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  91.05 
 
 		 645 aa  1134    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  53.18 
 
 		 671 aa  591  1e-167  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  53.69 
 
 		 668 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  75.07 
 
 		 696 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  61.5 
 
 		 614 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.28 
 
 		 565 aa  283  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 461 aa  243  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 508 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  31.25 
 
 		 516 aa  208  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.25 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 451 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 518 aa  190  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  31.07 
 
 		 518 aa  184  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 518 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 518 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 518 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  32.09 
 
 		 518 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 518 aa  178  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 518 aa  178  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 460 aa  177  4e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 518 aa  178  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 514 aa  177  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  35.95 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 518 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  30.03 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 530 aa  167  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  32.18 
 
 		 521 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  28.22 
 
 		 536 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 559 aa  160  7e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 459 aa  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 797 aa  150  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  37.89 
 
 		 520 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  49.09 
 
 		 308 aa  148  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 314 aa  148  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  50.96 
 
 		 403 aa  147  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  46.24 
 
 		 306 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  46.24 
 
 		 307 aa  145  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  40.32 
 
 		 355 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.51 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 304 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 312 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 328 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 794 aa  142  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  48.72 
 
 		 474 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  29.21 
 
 		 518 aa  141  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 681 aa  141  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  49.37 
 
 		 381 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 355 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 820 aa  140  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.71 
 
 		 721 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 		 730 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 454 aa  139  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 524 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 498 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 354 aa  138  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 680 aa  138  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 492 aa  138  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 403 aa  137  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 355 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.16 
 
 		 457 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 350 aa  137  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  46.29 
 
 		 466 aa  137  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  46.02 
 
 		 457 aa  137  8e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 794 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 395 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 614 aa  136  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 395 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 437 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.63 
 
 		 558 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  44.17 
 
 		 756 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 753 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.02 
 
 		 457 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.19 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  37.43 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 317 aa  135  3e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 610 aa  135  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 347 aa  135  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.03 
 
 		 457 aa  135  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 532 aa  135  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 532 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 372 aa  135  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.86 
 
 		 455 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>