More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1551 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  65.76 
 
 		 518 aa  713    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 518 aa  1050    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  76.45 
 
 		 518 aa  826    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  93.24 
 
 		 518 aa  993    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  92.86 
 
 		 518 aa  989    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  81.08 
 
 		 518 aa  882    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  95.17 
 
 		 518 aa  1006    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  79.73 
 
 		 514 aa  846    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  70.66 
 
 		 518 aa  738    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  93.05 
 
 		 518 aa  991    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  95.95 
 
 		 518 aa  1012    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  95.95 
 
 		 518 aa  1012    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  93.05 
 
 		 518 aa  995    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  76.64 
 
 		 518 aa  812    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  70.85 
 
 		 530 aa  768    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  93.63 
 
 		 518 aa  995    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  28.73 
 
 		 536 aa  229  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  29.48 
 
 		 518 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  29.55 
 
 		 521 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 461 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  26.96 
 
 		 520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  28.51 
 
 		 518 aa  195  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  29.03 
 
 		 524 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 614 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 642 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 696 aa  181  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 		 565 aa  181  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 645 aa  177  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 668 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  31.23 
 
 		 645 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 		 671 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 460 aa  172  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.01 
 
 		 677 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.33 
 
 		 690 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 653 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 451 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.35 
 
 		 508 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.58 
 
 		 516 aa  150  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 559 aa  150  7e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.44 
 
 		 516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 622 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.7 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 631 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.32 
 
 		 820 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  37.31 
 
 		 1629 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 621 aa  131  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  37.87 
 
 		 1726 aa  130  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 427 aa  130  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.21 
 
 		 624 aa  130  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 388 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 614 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 599 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.88 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 461 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  37.25 
 
 		 560 aa  127  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  41.88 
 
 		 308 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 347 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 459 aa  127  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 516 aa  126  8.000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 610 aa  126  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 343 aa  126  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.38 
 
 		 235 aa  126  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.24 
 
 		 474 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.27 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.38 
 
 		 275 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 220 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 625 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 625 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 625 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 628 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 621 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  37.86 
 
 		 625 aa  124  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 628 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 414 aa  124  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 772 aa  124  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.82 
 
 		 960 aa  124  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 624 aa  123  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 536 aa  123  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  36.47 
 
 		 415 aa  123  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 381 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.47 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 495 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 555 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  37.34 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 722 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 351 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 764 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>