More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0078 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 565 aa  1157    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 645 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 642 aa  283  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 645 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  30.02 
 
 		 653 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 696 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 671 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 668 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 461 aa  246  8e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.08 
 
 		 690 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.42 
 
 		 516 aa  227  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  32.87 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  36.66 
 
 		 677 aa  223  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 460 aa  206  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 508 aa  200  5e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 451 aa  200  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  31.73 
 
 		 518 aa  189  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 518 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 514 aa  183  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  25.71 
 
 		 518 aa  182  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 		 518 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 518 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 518 aa  179  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 559 aa  179  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  26.02 
 
 		 530 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 518 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 518 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 518 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  29.55 
 
 		 518 aa  176  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 518 aa  174  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  25.36 
 
 		 536 aa  172  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  31.85 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 518 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 227 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  41.71 
 
 		 340 aa  160  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.4 
 
 		 505 aa  158  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 464 aa  155  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 		 686 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 308 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 308 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 314 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 772 aa  151  4e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 525 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 620 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 477 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 753 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 373 aa  149  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 650 aa  148  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 370 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 		 1078 aa  146  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 495 aa  146  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.2 
 
 		 792 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 764 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 498 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 730 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 764 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  36.13 
 
 		 524 aa  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 764 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  40.98 
 
 		 520 aa  145  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.34 
 
 		 301 aa  145  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.44 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 459 aa  145  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 316 aa  144  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 414 aa  143  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 		 424 aa  144  6e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.73 
 
 		 316 aa  143  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 368 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 569 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 791 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 610 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 555 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.91 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 237 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 		 301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 820 aa  141  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 381 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 372 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 357 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 487 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.04 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 347 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 237 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 681 aa  140  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 258 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 343 aa  140  6e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 382 aa  140  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  43.03 
 
 		 422 aa  140  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 343 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 735 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40 
 
 		 1203 aa  139  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 407 aa  139  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 917 aa  139  1e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.78 
 
 		 949 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 521 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 369 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 483 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>