More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_2019 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  94.08 
 
 		 355 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  100 
 
 		 355 aa  731    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  64.56 
 
 		 334 aa  463  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  32.75 
 
 		 356 aa  200  3.9999999999999996e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.7 
 
 		 355 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 349 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 342 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 355 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 368 aa  142  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  29.01 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.64 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 350 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 350 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 351 aa  139  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.74 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.06 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 342 aa  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 451 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.13 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 378 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 352 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 354 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.71 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  30.28 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 348 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 530 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 454 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  38.29 
 
 		 477 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 514 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 423 aa  124  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  37.99 
 
 		 985 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 758 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 696 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 518 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 764 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 340 aa  122  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 557 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 518 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 369 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 518 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 518 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 610 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.73 
 
 		 516 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 172 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 764 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 764 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1063  GGDEF family protein  31.55 
 
 		 451 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.449039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.75 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.34 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.64 
 
 		 425 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.36 
 
 		 1021 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 732 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  32.51 
 
 		 456 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.8 
 
 		 624 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 263 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.32 
 
 		 565 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 518 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 320 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  36.55 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 631 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 518 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 585 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  29 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.67 
 
 		 673 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.91 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 422 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 518 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 429 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.25 
 
 		 461 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 387 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 536 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>