More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0021 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  100 
 
 		 423 aa  867    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.89 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 439 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 753 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.57 
 
 		 689 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 444 aa  131  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.12 
 
 		 443 aa  130  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 355 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 351 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  41.61 
 
 		 430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 580 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 569 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 458 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 408 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 1774 aa  127  3e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  41.61 
 
 		 430 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.72 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  37.91 
 
 		 425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 432 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 322 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 487 aa  127  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  38.89 
 
 		 498 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  42.24 
 
 		 430 aa  126  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 		 430 aa  126  6e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 492 aa  126  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 		 430 aa  126  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 791 aa  126  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 		 431 aa  126  7e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 490 aa  126  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 		 431 aa  126  7e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.51 
 
 		 418 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 591 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 332 aa  126  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 		 431 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  41.61 
 
 		 431 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40 
 
 		 736 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.12 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 548 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 253 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 778 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 518 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 714 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 362 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.79 
 
 		 474 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 794 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  39.11 
 
 		 368 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.51 
 
 		 634 aa  124  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  30.31 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 446 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 611 aa  123  6e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 768 aa  123  6e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  34.6 
 
 		 546 aa  123  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  36.45 
 
 		 580 aa  123  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 821 aa  122  8e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 354 aa  123  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 690 aa  123  8e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.88 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 356 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 490 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 574 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 485 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 583 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 309 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 357 aa  120  6e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 502 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  36.61 
 
 		 443 aa  119  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 622 aa  119  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 357 aa  119  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 630 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 501 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 490 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 322 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 430 aa  119  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 559 aa  119  9e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 249 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  36 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 539 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 427 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 227 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 493 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>