More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1221 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  701    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  87.97 
 
 		 345 aa  620  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 355 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 355 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  26.4 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 350 aa  105  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  35.19 
 
 		 516 aa  100  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 351 aa  99.8  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 451 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  26.17 
 
 		 354 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  34.57 
 
 		 516 aa  97.8  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 355 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  24.92 
 
 		 356 aa  93.2  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 342 aa  93.2  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  29.65 
 
 		 355 aa  93.2  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  25.08 
 
 		 347 aa  92.8  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.71 
 
 		 319 aa  92.8  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  28.35 
 
 		 355 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  31.67 
 
 		 568 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  26.87 
 
 		 354 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 308 aa  89.7  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 342 aa  89.7  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 422 aa  89.4  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4387  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 		 718 aa  89.4  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 614 aa  89  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 339 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 308 aa  88.6  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32 
 
 		 878 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 532 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 540 aa  87.4  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  32.96 
 
 		 1008 aa  87.4  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  34.68 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1349  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 179 aa  86.7  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  36 
 
 		 435 aa  86.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.86 
 
 		 510 aa  86.3  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 374 aa  86.3  8e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 464 aa  85.9  9e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.41 
 
 		 308 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 570 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 510 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 		 671 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 732 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  30.29 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  25.59 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  25.62 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  26.1 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 		 738 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 735 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 578 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 464 aa  84  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 555 aa  83.6  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  30.86 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 456 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.14 
 
 		 926 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.79 
 
 		 673 aa  83.6  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 578 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.14 
 
 		 896 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0601  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 489 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 530 aa  83.2  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 523 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.96 
 
 		 994 aa  83.2  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  32 
 
 		 688 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  32.43 
 
 		 673 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 		 572 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  24.34 
 
 		 349 aa  82.4  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 578 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 650 aa  82.4  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0365  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.74 
 
 		 896 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0766111  normal  0.151073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  31.52 
 
 		 668 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3605  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.92 
 
 		 610 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.150413  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  32 
 
 		 461 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 		 738 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  34.48 
 
 		 367 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 569 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.93 
 
 		 1073 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  33.95 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  26.69 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  31.28 
 
 		 525 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>