More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_1076 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1076  diguanylate cyclase  100 
 
 		 345 aa  694    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000149455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1221  diguanylate cyclase  87.97 
 
 		 349 aa  620  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000194048 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 355 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.79 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  29.12 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 350 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  31.91 
 
 		 516 aa  99.4  8e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 451 aa  99.4  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  25.73 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 354 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  26.89 
 
 		 343 aa  97.1  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  33.54 
 
 		 516 aa  96.3  7e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 354 aa  95.5  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 355 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 532 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  94  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  27.78 
 
 		 319 aa  93.6  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 342 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.19 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 348 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 342 aa  92.8  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0978  GGDEF family protein  25.71 
 
 		 356 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  27.53 
 
 		 355 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0601  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 		 489 aa  90.9  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 614 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 339 aa  90.1  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 414 aa  90.1  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.29 
 
 		 308 aa  89.7  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  30.1 
 
 		 568 aa  89.7  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 355 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4387  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.34 
 
 		 718 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  25.85 
 
 		 342 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1349  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 179 aa  87.8  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  29.54 
 
 		 456 aa  87.4  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35.21 
 
 		 671 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  33.52 
 
 		 461 aa  87  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 357 aa  86.7  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 327 aa  86.7  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 570 aa  86.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.34 
 
 		 464 aa  85.9  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.81 
 
 		 710 aa  86.3  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  27.15 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1382  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.1 
 
 		 510 aa  85.9  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 510 aa  85.9  9e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.74 
 
 		 896 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 638 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 738 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.08 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 540 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.74 
 
 		 926 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 578 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  35.93 
 
 		 649 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 578 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 696 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.74 
 
 		 878 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 555 aa  84.3  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.39 
 
 		 738 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 525 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  34.51 
 
 		 668 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  27.24 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.52 
 
 		 1021 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  26.54 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 559 aa  83.6  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0365  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 		 896 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0766111  normal  0.151073 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 732 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 456 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 387 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1840  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.13 
 
 		 806 aa  83.6  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.865886  normal  0.0522815 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  30.73 
 
 		 456 aa  83.2  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  29.94 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  30.73 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  33.77 
 
 		 525 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  26.47 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 642 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.58 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 645 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 686 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 640 aa  83.2  0.000000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 352 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.63 
 
 		 673 aa  82.8  0.000000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 408 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 305 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 340 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>