More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3922 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 364 aa  743    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 821 aa  158  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 316 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 345 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 794 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 564 aa  149  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 495 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 628 aa  149  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 247 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.77 
 
 		 548 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 492 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 314 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 454 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 454 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.4 
 
 		 308 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 1774 aa  146  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 464 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.71 
 
 		 455 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 306 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 620 aa  145  9e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 531 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 426 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 342 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 769 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.1 
 
 		 457 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0942  hypothetical protein  30.45 
 
 		 377 aa  143  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 559 aa  143  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 467 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 306 aa  143  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 294 aa  142  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 317 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 555 aa  142  8e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  42.44 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 622 aa  142  9e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 632 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 		 710 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.96 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 496 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 512 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 		 625 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 611 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 519 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 482 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 466 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 638 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 611 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.98 
 
 		 461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.65 
 
 		 1000 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 243 aa  139  6e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 476 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 466 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 612 aa  139  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 698 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 482 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 457 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 797 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  39.39 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  29.76 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 466 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 581 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 		 444 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 827 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  39.2 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.28 
 
 		 792 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 252 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 397 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 382 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 550 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  40 
 
 		 574 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40 
 
 		 680 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>